Die Besetzung der Philippinen durch die Japaner im Dezember 1941 bedeutete für die Flüchtlinge das Ende ihrer relativen Sicherheit. Der Zusammenbruch der philippinischen Wirtschaft brachte viele um ihre Existenz. Universitäten und Schulen wurden geschlossen, sodass diese relativ gut bezahlten Arbeitsplätze wegfielen. Einmal mehr mussten sich die Flüchtlinge neue Überlebensmöglichkeiten suchen. Viele lebten vom Verkauf oder Tausch ihrer Habseligkeiten. Da die japanischen Militärs willkürlich Häuser und Wohnungen beschlagnahmten, war mehrmaliger Quartierwechsel an der Tagesordnung.

Zahlreiche EmigrantInnen wurden, obwohl die japanischen Besatzer sie als Angehörige eines verbündeten Staates betrachteten und keine spezifisch antijüdische Repression ausübten, Opfer von Internierungen, so etwa die Wienerin Margarete Stern, die in Manila als Flüchtlingshelferin gearbeitet hatte und als vermeintliche Spionin im berüchtigten Fort Santiago inhaftiert wurde. Die Flüchtlinge übten eine Art passiver Resistenz gegen die Besatzer aus, doch sind auch Fälle aktiver Kooperation mit dem philippinischen Widerstand bekannt. Herbert Zipper versteckte nicht nur die Instrumente des Symphonieorchesters und verhinderte mit allen möglichen Ausflüchten dessen Auftreten, sondern war auch in einer hauptsächlich aus Chinesen bestehenden Widerstandsgruppe engagiert, die mit der amerikanischen Armee kooperierte.

Die Kämpfe um Manila im Februar 1945, die die endgültige Niederlage der japanischen Armee besiegelten, forderten schwere Opfer auf Seiten der Flüchtlinge. Die Japaner legten durch systematische Brandschatzungen nicht nur große Teile der Stadt in Schutt und Asche, sondern richteten auch unter der Zivilbevölkerung grausame Massaker an. Die US-Army legte Manila unter schweres Bombardement. Auch unter den österreichischen EmigrantInnen waren Tote zu beklagen. Wer sich mit heiler Haut aus dem Inferno retten konnte, hatte zumeist seine gesamte Habe verloren und stand erneut vor dem Nichts.