Wegen Verdachts der Betätigung für die KPÖ war Werner Wukitsevits 1938 (rund 2 Wochen) und 1939 (rund 3 Monate) in Schutzhaft. Im Jänner 1940 flüchtete er zunächst nach Ungarn, im Oktober 1940 wurde er einem Rückwanderertransport aus Sofia (Bulgarien) angeschlossen und nach der Ankunft im Deutschen Reich am 22. 10. 1940 festgenommen. Werner Wukitsevits wurde wegen Wehrdienstentziehung und Vergehen gegen die Passvorschriften am 24. 11. 1941 zu 2 Jahren Haft verurteilt. Er war bis Ende April 1945 - ab 10. 6. 1944 im KZ Dachau - in Haft.
Sein Vater Gottfried Wukitsevits (geb. 13. 8. 1895), der nach seiner Festnahme am 24. 9. 1938 auf dem Weg zum Gendarmerieposten flüchten konnte, lebte zunächst als "U-Boot" in Niederösterreich und Wien und erreichte schließlich über die CSR, Polen und Schweden im April 1939 England. Er kehrte 1946 nach Österreich zurück.