Der Arbeitsschwerpunkt Nachkriegsjustiz existiert seit Beginn der 1990er-Jahre, seit vielen Jahren in Form des am DÖW angesiedelten Vereins Zentrale österreichische Forschungsstelle Nachkriegsjustiz. Wesentlichste Aufgabe ist, neben der Durchführung von Forschungsprojekten und der Organisierung wissenschaftlicher Veranstaltungen bzw. der Beteiligung an Symposien und Vortragsreihen, die zentrale Dokumentation sämtlicher Akten der justiziellen Ahndung von nationalsozialistischen Verbrechen in Österreich.

Am DÖW sind die für die Forschungsstelle tätigen WissenschaftlerInnen in die Betreuung der BesucherInnen eingebunden: Sie geben Auskunft über den Standort von Gerichtsakten, von denen im DÖW nur unvollständige oder keine Kopien vorhanden sind, und beraten bei Fragen zu den Zugangsmöglichkeiten zu Gerichtsakten, ihrem Aufbau sowie zu rechtlichen Auflagen bei ihrer Verwendung als Geschichtsquelle.

Während die Tätigkeit der österreichischen "Volksgerichte" (1945–1955) – nicht zuletzt dank der Bemühungen der Forschungsstelle Nachkriegsjustiz am DÖW – mittlerweile auch international einen gewissen Bekanntheitsgrad erreicht hat, ist das Wissen über den Umgang der österreichischen Justiz mit den NS-Verbrechen seit der Abschaffung der Volksgerichtsbarkeit auch in Österreich selbst nach wie vor nur bruchstückhaft. Zwar wurden die wenigen Prozesse bereits in der zeitgenössischen Presse kritisiert und waren in der Folge teilweise auch Gegenstand wissenschaftlicher Publikationen, doch beruht das Wissen um die geringe Anzahl an Gerichtsverfahren der 1960er- und frühen 1970er-Jahre auf jenen Prozessen, die mit – oft zweifelhaften und skandalösen – Urteilen endeten: Seit 1956 wurde in 35 Fällen Anklage erhoben, es ergingen 20 Schuld- und 23 Freisprüche. Seit Ende 1975 fanden überhaupt keine Prozesse mehr statt; erst 1999 erfolgte wieder eine Anklageerhebung – gegen den Euthanasie-Arzt Heinrich Gross –, ohne dass ein Urteil gefällt werden konnte. Bezüglich all jener staatsanwaltschaftlichen und gerichtlichen Ermittlungen, die nicht in einer Anklage mündeten, ist jedoch nicht einmal ihre Anzahl bekannt. Die vom Innen- und Justizministerium seit den 1960er-Jahren zusammengestellten Register legen nahe, dass Hunderte weitere Verfahren eingeleitet, diese aber – oft erst nach mehrjährigen, intensiven Ermittlungen – eingestellt wurden. Die eher zufällige Entdeckung des Grazer Majdanek-Verfahrens (1963–1973) zeigte, dass solche Verfahren das Wissen um die NS-Verbrechen und ihre Ahndung beträchtlich erweitern können, wie die teilweise auf den Akten des Grazer Ermittlungsverfahrens beruhende Publikation der Forschungsstelle Nachkriegsjustiz Das KZ Lublin-Majdanek und die Justiz. Strafverfolgung und verweigerte Gerechtigkeit: Polen, Deutschland und Österreich im Vergleich (2011) verdeutlicht.

Die Akten der gerichtlichen und polizeilichen Erhebungen mit ihren zahlreichen Querverweisen, Abschriften von Originaldokumenten sowie Zeugenaussagen enthalten in vielen Fällen Informationen über Tatkomplexe, Täter und Opfer.

2011 begann die Forschungsstelle Nachkriegsjustiz am DÖW das Projekt Gerichtliche Ermittlungen wegen NS-Verbrechen im Zeitraum 1956 bis 2008, das sämtliche wegen Verdachts auf NS-Verbrechen eingeleiteten Verfahren seit 1956 erfassen soll. Soweit dies aufgrund der gesetzlichen Bestimmungen möglich ist, werden die Verfahrensakten auch digitalisiert. Das Projekt wurde vorerst vom US Holocaust Memorial Museum in Washington und der Gedenkstätte Yad Vashem in Jerusalem finanziert, seit 2014 beteiligt sich auch die Republik Österreich an den Kosten – in Form einer Projektfinanzierung durch den Zukunftsfonds.

Von Relevanz für österreichische ForscherInnen ist die Tatsache, dass erst durch die in diesem Projekt geleistete Grundlagenarbeit die in den Registern der Justiz nicht eigens ausgewerteten staatsanwaltschaftlichen Vorerhebungen und gerichtlichen Voruntersuchungen wegen NS-Verbrechen der vergangenen Jahrzehnte aufgelistet und deren Akten auffindbar gemacht werden. Durch diese Kompletterfassung soll ein Quellenbestand, der der zeit- und rechtsgeschichtlichen Forschung innerhalb und außerhalb Österreichs weitgehend unbekannt ist, erschlossen und – unter Beachtung der gesetzlichen Auflagen – zugänglich gemacht werden. Dies geschieht durch die Bereitstellung von Findhilfen (Listen, Abstracts), die Anfertigung digitaler Aktenkopien sowie Vorarbeiten für die Publikation ausgewählter Prozessdokumente, die zu einem späteren Zeitpunkt in Zusammenarbeit mit den Landesarchiven und der Justizverwaltung erfolgen soll.

2014 konnte die systematische Durchsicht, Erfassung und Digitalisierung aller wegen NS-Verbrechen geführten Verfahren am größten Gerichtsstandort Österreichs, in Wien, fertiggestellt werden. 2017 wurden die Recherchen in den Bundesländern Niederösterreich, Oberösterreich und Tirol abgeschlossen.