Im Rahmen der Ermittlungen gegen die neonazistische Homepage alpen-donau fanden Ende Oktober bundesweit bei 18 Personen, die dem neonazistischen Milieu zugerechnet werden, Hausdurchsuchungen statt. Seit der Inbetriebnahme im Frühjahr 2009 werden auf dieser Webseite laufend von NS-Verherrlichung, militantem Antisemitismus und offenem Rassismus sowie üblen Beschimpfungen und Gewaltaufrufen gegen bekannte GegnerInnen des Neonazismus geprägte Artikel veröffentlicht. Bei den Diskussionen um diese Homepage wurde stets auch die Frage nach den Verbindungen zwischen alpen-donau und der FPÖ aufgeworfen, die entsprechend der historischen Scharnierfunktion von deutsch-völkischen Korporationen vor allem über Burschenschafterbuden zu laufen scheinen. Während die FPÖ solche Kontakte zu alpen-donau vehement dementiert und die Neonazi-Site als ein Werk von Agent provocateurs darstellt, finden sich auf der Website immer wieder Einträge, in denen ein Naheverhältnis zur FPÖ eher unverhohlen behauptet wird. So heißt es etwa am 14. November: "Der nationale Widerstand in Österreich umfaßt im wesentlichen alle deutschbewußten Gruppen und Personen, die gewillt sind, für die Rettung unserer Heimat persönliche Opfer zu erbringen. Da wir in einem zur Gänze vom Feind besetzten Land leben, sind wir im Gegensatz zu anderen Ländern zu einer Art der Zusammenfassung gezwungen, die im Wesentlichen auf der gemeinsamen Weltanschauung und politischen Überzeugung beruht. Glücklicherweise verfügen wir insbesondere in Österreich, aber auch im übrigen Deutschland, über eine Reihe von Vereinigungen, von den national ausgerichteten Studentenverbindungen, Turnerbünden bis hin zu Wander- und Naturschutzvereinen, kulturellen und gesellschaftlichen Zusammenschlüssen, in denen unsere Tradition hochgehalten wird. Zudem haben wir in der Freiheitlichen Partei Österreichs eine Vorfeldorganisation, die uns Unterschlupf gewährt und auf deren Strukturen wir zurückgreifen können."
Tatsächlich wurden zumindest bis Sommer 2009 immer wieder interne Dokumente aus dem FPÖ-Nationalratsklub auf alpen-donau veröffentlicht. Seither ist man seitens der Neonazis vorsichtiger geworden. Dennoch prahlt man weiter mit den besten Kontakten - nicht nur zur FPÖ, sondern auch und gerade in das Bundesministerium für Inneres, zuletzt in einem Eintrag vom 6. November.